途中からランクを変更した場合の報酬計算ですが、変更後、報酬単価が適用されるのは、ランク変更した後に
成約したものからとなります。
今までに成約した案件の報酬には自動適用されませんので、個別で変更する必要があります。

「成約・アフィリエイター報酬管理」から、検索条件で、変更したいアフィリエイターIDで検索を実行します。
そうすると、そのアフィリエイターから成約された申込一覧がされますので、１件ずつ「編集」で開きます。

成約詳細画面で、変更する箇所は大きく２箇所あります。

成約情報で、初回アフィリエイト報酬・2回目以降アフィリエイト報酬という欄と、各月の決済一覧されている決済詳細の欄です。

それぞれの金額を変更後の報酬額を入れて、「内容を確認する」ボタンで設定を保存します。

そうして頂くことにより、次回のアフィリエイト報酬支払の集計でこれまでの分も含めて掲載されるようになります。